Los metroids —las criaturas más peligrosas de la galaxia— han caído en manos de los  Piratas Espaciales. Eres la cazarrecompensas Samus Aran, y debes adentrarte hasta las profundidades del planeta Zebes para eliminar al líder de los Piratas Espaciales, Mother Brain, y traer la paz a la galaxia.

El Metroid original de NES, introdujo una mezcla única de aventura y exploración que se ha transformado en la característica principal de la serie. Usa la Morfosfera de Samus para colarte por pasadizos y descubrir mejoras como el Rayo de Hielo, el Traje Climático o el Módulo de Ataque Espiral.