Corre el año 2636. Los alienígenas, que ya perdieron una guerra frente al Probotector, han recobrado todo su poder y acaban de lanzar una invasión a gran escala. Los humanos poco pueden hacer frente a unos alienígenas cuya capacidad tecnológica solo puede compararse a su enorme crueldad.

Seis meses más tarde, en medio de una ciudad devastada y controlada por los alienígenas, aparecen RD008 y RC011, los Probotectors más fuertes jamás creados.

Así comienza una vez más la encarnizada batalla en la que la humanidad ha depositado todas sus esperanzas.

Super Probotector Alien Rebels es aclamado como uno de los mejores juegos de acción publicados para Super Nintendo.